En admettant que votre Eclipse se trouve dans /usr/local/eclipse, il suffit de créer un script pour lancer Eclipse ressemblant à ça :

#!/bin/sh
export ECLIPSE_HOME="/usr/local/eclipse"
export GDK_NATIVE_WINDOWS=1
$ECLIPSE_HOME/eclipse $*

N'oubliez pas de mettre les droits en écriture sur votre script (chmod 755 /usr/bin/eclipse.sh).

Il ne vous reste plus qu'à ajuster votre raccourci Eclipse de façon à ce qu'il pointe vers ce script et Ô joie, vous aurez le bonheur de constater que le bug du clic Eclipse est bien résolu !