1) Récupérer unix2tcp, le compiler (./configure && make) et l'installer (make install). Nota : il semble qu'un port soit disponible sous FreeBSD.

2) Créer un socket "unix2tcp", par exemple comme ceci :
unix2tcp /tmp/mysql-new.sock 1.2.3.4 3306

3) Ajouter dans les déclarations des virtual hosts Apache la variable suivante :
SetEnv MYSQL_UNIX_PORT /tmp/mysql-new.sock

Limitations : il semble que cette astuce ne fonctionne pas avec pdo-mysql.

Crédits : merci à Frédéric aka Homere pour cette astuce !